Ein wichtiger Baustein im Rahmen der Unterrichtsorganisation ist der differenzierte Förderunterricht, um die Entwicklung einzelner Kinder zusätzlich zu unterstützen. In Kombination mit den relativ kleinen Klassenstärken wird somit einem Schulleistungsversagen präventiv vorgebeugt. Organisiert wird der differenzierte Förderunterricht als Einzelförderung innerhalb der regulären Unterrichtszeit. Durch ihn wird vor allem eine gezielte Wiederholung bzw. Vertiefung von neuen Lerninhalten realisiert. Der Klassenlehrer wiederholt in diesen Stunden überwiegend bekannten Stoff und erarbeitet keinen neuen. Somit verpasst kein Kind wesentliche Inhalte des regulären Unterrichts.
Der differenzierte Förderunterricht betrifft beide jahrgangskombinierten Klassen und findet in den Hauptfächern Deutsch und Mathematik statt. Er gilt grundsätzlich für alle Kinder, um bei jedem unserer Schüler auf seinem bisherigen Entwicklungsniveau Fortschritte zu erzielen.
Das Team der Dorfschule Walchensee wird zusätzlich durch mehrere Lesepaten unterstützt. Diese – überwiegend älteren Damen – haben aufgrund ihrer Erfahrung eine besondere Zugangsweise zu einzelnen Kindern und beschäftigen sich ausschließlich mit der Leseförderung.